- 情報解析基盤室のパスワード保護ページが表示できません。
- 計算ノードに解析ソフトウェアをインストールしたいのですがどうすればよいでしょうか?
- Windows PC(クライアント)とジョブシステムのファイル転送をするにはどうすればよいでしょうか?
- slurmジョブ実行にてログファイルを出力したくないのですがどうすればよいでしょうか?
- slurmでアレイジョブを登録したのですが、並列数が想定通りにならないのはなぜでしょうか?
- ファイル共有サービスのNASログインページ(https://qlink.to/mibntx02)が表示できません。
- 海外から情報解析基盤室の計算ノードへアクセスできないのでしょうか。
- プロジェクトアカウントについて複数年度利用できますか?
Q:情報解析基盤室のパスワード保護ページが表示できません。 |
A:情報解析基盤室のパスワード保護ページはお使いのWEBブラウザによっては表示できない場合があります。 主にお使いのブラウザ設定(個人情報セキュリティ設定)に影響されますので下記を試してから再度表示してみてください。 ・ページを表示するブラウザを変更(WindowsEdgeー>GoogleChromeなど) ・ブラウザ設定でパスワード保護機能を利用できるように変更する(各ブラウザのパスワード機能についてはブラウザごとのマニュアルを参照してください) |
Q:計算ノードに解析ソフトウェアをインストールしたいのですがどうすればよいでしょうか? |
A:計算ノードに個別の解析ソフトウェアのインストールは推奨しておりません。 個別に使用する解析ソフトウェアを計算ノードで実行する場合は singularity を使ったイメージファイルを準備していただきますようお願いいたします。 (準備したイメージファイルを計算ノードにコピーして実行してください) singularity を使ったイメージファイルの実行については下記を参照していただければ幸いです。 ・ソフトウェアを使用した解析を行う場合 https://sis.bioreg.kyushu-u.ac.jp/jp/singularity/ |
Q:Windows PC(クライアント)とジョブシステムのファイル転送をするにはどうすればよいでしょうか? |
A:Windows PC(クライアント)からジョブシステムへのファイルの転送についてはsshを使った転送が可能です。 簡単な方法としては下記がございます。 1.コマンドプロンプトから scp コマンドを使った転送 2.WinSCPなどツールをつかった転送 遺伝研や京都大学でも同じ形で利用できますので参考にしてください。 ・【遺伝研】SSH プロトコルによるファイル転送の方法 (scp, sftp) https://sc.ddbj.nig.ac.jp/general_analysis_division/ga_transfer/ ・【京都大学】WinSCPを使用する場合 https://web.kudpc.kyoto-u.ac.jp/manual/ja/s3#winscp 上記は接続先を情報解析基盤室一般共用解析区画(133.5.169.84 ポート番号:22)とご自身のアカウント/パスワードに読み替えてください。 |
Q:slurmジョブ実行にてログファイルを出力したくないのですがどうすればよいでしょうか? |
A:slurmログはジョブの開始/終了や実行結果が正常だったかを確認/判断するために基本的には出力した方がよいかと思います。 ただし、実行ジョブ数が大量になりログファイル数が膨大になるなど、ログファイルを出力をしたくない場合はSBATCHのディレクティブ指定を下記のようにしてみていただけますでしょうか。 #SBATCH -o /dev/null #SBATCH -e /dev/null |
Q:slurmでアレイジョブを登録したのですが、並列数が想定 |
A:登録したアレイジョブのディレクティブ設定があっていないのではないでしょうか。 例えば計算ノードに搭載しているメモリが256GBの時にアレイジョブで指定したのメモリが16GBだった場合は並列数が13~15くらいになります。 (13~15並列の場合、208~240GBのメモリ利用となり計算ノードのOS消費メモリを含まない形でアレイジョブが並列実行されるため) 不要なメモリサイズ指定、またはメモリサイズ指定をせず1ジョブで不要なメモリ消費が発生していた場合でも想定している並列数にならない場合があるのでアレイジョブを使用する際はCPUコア数/メモリサイズなどをディレクティブ指定を行ってみてください。 |
Q:ファイル共有サービスのNASログインページ(https://qlink.to/mibntx02)が表示できません。 |
A:WEBブラウザからNASへサインインが必要になりますのでシステム利用承認書に記載されたユーザー名、保護ページのパスワードやファイル共有サービスのアカウント名を確認してください。 「QNAPアカウントにサインインするmyQNAPcloud Web サイトに進みます」と表示された画面になり、メールアドレスとパスワードを要求され、ここから先どのようにしたら良いか分からない場合などを含め、内容が不明な場合は情報解析基盤室サポート担当までお問い合わせください。 |
Q:海外から情報解析基盤室の計算ノードへアクセスできないのでしょうか? |
A:現在、情報解析基盤室の計算ノードは海外サーバからの接続を制限しております。 海外からアクセスする際は、一旦国内ネットワークにVPN※で接続してからアクセスをお試しください。 ※九州大学の全学VPN KITE(ネットワークサービス)を利用したご自身の研究室で構築しているVPNなど https://www.nc.kyushu-u.ac.jp/faq/gakugai_net/#vpn |
Q:プロジェクトアカウントについて複数年度利用できますか? |
A:会計手続きの観点からは利用は単年度となっております。ただし、継続利用の方を優先的に利用する配慮を行う観点から、プロジェクトアカウントについて複数年度の利用を予定されているユーザの方は、申請時、または、利用開始後にその旨をサポートにご連絡ください。 |